Története majdnem Szent István koráig vezethető vissza. Mikor I. Béla király 1061–1062-ben Kolozsmonostoron megalapította Erdély első bencés apátságát, akkor a királyi ispánság tulajdonát képező Jegenyét az apátságnak adományozta. Az első írásos említések alapján innen számítható Jegenye és az egyházközség megléte. A településre legelőször a kunok és a besenyők törtek be, akiknek pogány hordái – felégetve a templomokat és lemészárolva a lakosságot – végigpusztították a Nádas és Szamos folyók vidékének honfoglalás óta lakott településeit. Alighogy Szent László király és utódai újra fölépítették a templomokat és eltakarították a véres romokat, 1241-ben betörtek a tatárok, és még iszonyatosabb pusztítást végeztek. A második honalapító IV. Béla király volt, aki 1263-ban újraalapította Kolozs monostort és birtokát, Jegenyét is. 1250 körül kőtemplomot építettek Szent Mihály arkangyal tiszteletére a jelenlegi templomkertben. Csakhamar belső ellenség támadt Jegenyére. A környező települések földesurai, a Gyerőff yek, a váralmási ispánság hadnagya, majd a gyaluiak és türeiek elhajtották jószágaikat és felégették házaikat. Az 1241-es és 1263-as év véres betűkkel emlékeztet Jegenye hányatott történelmére. A gyakori betörések és az örökös rettegés miatt a falu elszegényedett és olyannyira elnéptelenedett, hogy képtelen volt a máter (anyaegyház) fenntartására, és így az 1400-as évek környékén Egeres fi liájává vált. 1432-ben a jegenyei hívek Antal apáthoz fordultak, hogy bármely áldozat árán vállalják a „mater ecclesiae” fenntartását, mint a filiális egyház nyomorúságát. 1556-ban a reformátorok elnémították Kolozsmonostor és ezzel Jegenye harangjait is. Így néma maradt a szebeni szászok által 1252-ben öntött, gót betűs felirattal ellátott nagyharang, amely Európa egyik legrégibb harangja volt (1840-ben beolvasztották). Ez idő tájt a hívek nagy része református lett, a templom is református kézre került. 1579-ben Báthori István fejedelem a fi skusoktól saját pénzén visszavásárolta és a jezsuitáknak adományozta. Azután ismét református templom volt, de 1615-ben Bethlen Gábor újra a jezsuitáknak adományozta. Ezen két nemes gesztusnak köszönhető, hogy ma Jegenye – egyetlen kalotaszegi település gyanánt – római katolikus. A jezsuiták az 1606-os kitiltás után is visszajártak, hogy élesszék a hitet a jegenyeiekben. 1721-ben elfoglalta Jegenyén szolgálati helyét Jegenyei Kerekes István, aki a faluban született 1686-ban. 1787-ben beindult a katolikus iskola, melyet 1948-ban államosítottak. 1788-ban jezsuita kápolnát építettek a Tós-kertben. 1794-ben épült a régi plébánialakás, melyet 1981-ben lebontottak. 1866-ban Boér János építtette a jelenlegi templomot neoromán stílusban. (A templom méretei: 29 m hosszú, 10 m széles, 45 m magas.) A Kájoni Jánossal foglalkozó irodalomban a legtöbben azt állítják, hogy Jegenyén született. Tiszteletére a jegenyeiek 1998-ban emlékművet emeltek a templom előtti téren, 2003-ban a plébánia udvarán levő Kájoni-ház avatására is sor került. Dr. Hankó Vilmos Erdélyi fürdők, ásványvizek című könyvében Jegenyét mint gyógyfürdőt említi. Az Erdélyi Római Katolikus Tanulmányi Alap tulajdonát képező gyógyfürdő a múlt század közepén megszűnt. Jegenye nemcsak vallásában, hanem népviseletében és hagyományaiban is eltér a többi kalotaszegi falu protestáns magyarságától, mintegy szigetet alkot.