A plébánia létezését említő első okleveles forrásnak az 1332–1333-as pápai tizedjegyzék tekinthető, a 12–13. században alapíthatták a plébániát. Az egyházközség első temploma Gyergyószentmiklós akkori központja, az ún. Both-vára közelében volt, a város Felszeg nevű részében. A település fejlődésével a mai templom helyén építették meg 1498-ban a második templomot gótikus stílusban (Benedek főesperes-plébános idején), erre utal a jelenlegi templom toronybejárataként megőrzött kő ajtókeret dátuma. Ezt a templomot a 17. század közepén Ferenczi György plébános vezetésével jelentősen kibővítették, de a tatárjárások és az idő vasfoga alaposan megrongálta. Időközben a katolikus hitre tért örmények szép barokk templomot építettek, ezért a római katolikus hívek 1756-ban szintén új templomot emeltek Mária Terézia királynő támogatásával az előző templom helyén. Az elmúlt két és fél évszázad során a templomot többször is felújították, 1877-ben pedig a város nagy szülöttjétől, Fogarasy Mihály erdélyi püspöktől neogótikus orgonát is kapott. A kiváló erdélyi püspök más adományokkal is gazdagította az egyházközséget, de legfontosabb munkájának mindenképp az mondható, hogy 1876-ban megalapította a Leánynevelő Intézetet, amelynek igazgatására letelepítette a szatmári irgalmas nővéreket. Az iskola (mind az épület, mind az intézmény) többször bővült, végül 1948-ban a kommunista hatalom államosította. Az épület 2003-ban került vissza az egyház tulajdonába.
A 20. században kiváló egyéniségek vezették a plébániát, akik minden nehézség ellenére kiépítették az egyházi intézményhálózatot: iskolák, árvaház, szegénykonyha, különböző termelői szövetkezetek, és természetesen a lelkiségi mozgalmak. 1925 és 1927 között a plébánián szolgált káplánként Márton Áron, Erdély későbbi boldog emlékű püspöke, ő alapította az itteni Kolping-egyletet és más lelkiségi és kulturális egyesületeket.
Habár számos háború dúlta fel a települést, az egyházközségnek sikerült a templom és az iskola mellett más értékeket is megőrizni: ilyen egy 1428-ból származó pergamen missale, illetve egy 1538-ból származó harang. A régebbi plébániaépület 1758-ban épült, történelmi érdekesség, hogy itt volt az 1848-as forradalom gyergyói központja. A templom udvarában egy 18. századi Nepomuki Szent János kőszobor található. A város melletti Csobot-hegyen van a Szent Anna-kápolna, amelynek eredetét egyesek a 13. századra teszik. Az egykori vár helyén 1933-ban épült a Jézus Szent Szíve kápolna, végül a Gyilkos-tónál van a 2001-ben felszentelt Szent Kristóf-kápolna.